Die Viruserkrankung geht, doch die neurologischen Symptome halten an. Am häufigsten sind das chronische Erschöpfungssyndrom, Schmerzen, Konzentrationsstörungen, Gedächtnisprobleme und Schlafstörungen. Wie lange sie anhalten, scheint von Patient zu Patient unterschiedlich zu sein. In der Regel sind es aber mehrere Wochen und Monate. COVID-19 geht häufig bereits während der Akutphase mit neurologischen Symptomen einher. Typisch sind Geruchs- und Geschmacksstörungen, aber auch Kopfschmerzen, Muskelschmerzen und das sogenannte Fatigue-Syndrom (dauerhafte Erschöpfung und Abgeschlagenheit) treten während der Viruserkrankung häufig auf. Darüber hinaus kommen sogenannte Enzephalopathien (Bewusstseinsstörungen und Störungen der Hirnfunktionen) bei COVID-19, gerade bei schweren Verläufen, recht häufig vor. Long COVID zeigt deutliche Veränderungen im Nervensystem auf. Dabei zeigen Untersuchungen, dass es kaum virale Rückstände gibt. Viele Forscher sind sich einig, dass Long COVID primär auf einer Autoimmunreaktion und einer chronischen Neuroinflammation basiert.